Idea zawiązania Polskiego Towarzystwa Bachowskiego narodziła się w Krakowie w 1985 roku, w 300. rocznicę urodzin Lipskiego Kantora. Pomysłodawcą był krakowski działacz społeczny, znany meloman prof. dr Henryk Gaertner, wcześniej założyciel Polskiego Towarzystwa Schweitzerowskiego. Ostatecznie Polskie Towarzystwo Bachowskie zarejestrowane zostało przez Sąd Wojewódzki w Krakowie 16 listopada 1989 roku.
Jednym z pierwszych poczynań PTB było nawiązanie kontaktów z Bach-Gesellschaft w Lipsku. Niestety, ówczesna sytuacja społeczno-polityczna i ekonomiczna nie sprzyjała działalności społecznej i PTB nie uaktywniło swej działalności i nie zaistniało szerzej w świadomości środowiska muzycznego, choć pełniąca obowiązki prezesa zarządu prof. Elżbieta Stefańska dokładała wszelkich starań, by przeprowadzić stowarzyszenie przez ten trudny okres.
Zmiana nastąpiła jesienią 2003 roku. Stając wobec dylematu: rozwiązać Polskie Towarzystwo Bachowskie, czy dołożyć starań, by ożywić jego działalność, przedstawiciele krakowskiego środowiska muzycznego zdecydowali poświęcić Towarzystwu swe siły i czas.
W październiku 2003 roku odbyło się zebranie, na którym ukonstytuował się nowy zarząd w składzie:
Prezes - Joanna Kwinta-Ślazyk, klawesynistka, pracownik naukowy Akademii Muzycznej w Krakowie,
Wiceprezes - Jacek Berwaldt, kierownik programowy Filharmonii Krakowskiej,
Sekretarz - Lech Skoczyłas, budowniczy i konserwator organów,
Skarbik - Anna Woźniakowska, dziennikarz, krytyk muzyczny,
Członek zarządu - Janusz Zathey, pianista, pracownik naukowy Akademii Muzycznej w Krakowie, (pod koniec kadencji ustąpił ze względów zdrowotnych, zastąpił go Wiesław Delimat, organista i dyrygent, pracownik naukowy Papieskiej Akademii Teologicznej, dyrektor Archidiecezjalnej Szkoły Muzycznej I i II st., kantor kościoła św. Marka w Krakowie).
Po załatwieniu podstawowych prac organizacyjnych, w celu realizacji działań statutowych nawiązano współpracę w parafią Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w Krakowie. Od lutego 2004 roku raz w miesiącu w kościele św. Marcina odbywają się koncerty PTB. Ich wykonawcami są z jednej strony renomowani artyści, z drugiej - wyróżniający się studenci Akademii Muzycznej. Każdy koncert poprzedzony jest krótką prelekcją przybliżającą słuchaczom prezentowany program. Wstęp na koncerty jest wolny, ich wykonawcy występują honorowo. Towarzystwa nie stać bowiem na płacenie choćby symbolicznych honorariów. Jedynym majątkiem PTB są składki jego członków (ustalone w tej kadencji na 4 zł miesięcznie z 50% zniżką dla emerytów i studentów), oraz darowizny (coraz liczniejsze). Koncerty PTB cieszą się niezmienną frekwencją.
Działalność PTB nie ogranicza się jedynie do Koncertów u św. Marcina. Zarząd nawiązał także współpracę z Miejskim Domem Kultury w Olkuszu organizującym festiwal organowy w tamtejszym zabytkowym kościele św. Andrzeja. Pod patronatem PTB odbył się koncert finałowy szkolnego konkursu na najlepszą interpretację utworu Johanna Sebastiana Bacha zorganizowanego przez Szkołę Muzyczną II st. im. W. Żeleńskiego w Krakowie. W Archidiecezjalnej Szkole Muzycznej w latach 2008 - 2010 PTB było animatorem sesji popularno-naukowych poświęconych m.in. twórczości Bacha i Haendla. Początkowy 3-letni okres działalności zarząd podsumował wydaniem płyty z muzyką patrona Towarzystwa w wykonaniu artystów występujących na koncertach PTB. Wydanie płyty było możliwe dzięki finansowemu wsparciu Gminy Kraków. Kolejne płyty, utrwalające najwybitniejsze dokonania interpretacyjne wykonawców poszczególnych koncertów, ukazały się; druga - w październiku 2009 roku ("Muzyka baroku u świętego Marcina") sumptem Jacka Berwaldta (w 75. rocznicę urodzin), trzecia - w grudniu 2011 roku ("Muzyka organowa u świętego Marcina"), której wydanie sponsorowała Karolina Witek (mecenas dotujący naukę i sztukę).
Mając już swe trwałe miejsce w tradycji muzycznej Krakowa, koncerty Polskiego Towarzystwa Bachowskiego we wrześniu 2024 roku rozpoczynają swój XXI sezon.
Polskie Towarzystwo Bachowskie liczy obecnie blisko 80 członków i systematycznie poszerza swe szeregi.